Không lâu sau chuyến tiếp xúc đầu tiên năm 1543, tàu Bồ Đào Nha bắt đầu đến Nhật Bản. Vào thời đó, đã có giao thương giữa Bồ Đào Nha với Goa (khoảng từ năm 1515), bao gồm 3 đến 4 thuyền vuông rời Lisbon với bạc để mua bông và gia vị ở Ấn Độ. Trong số đó, chỉ có một thuyền đến Trung Quốc để mua lụa, cũng đổi bằng bạc Bồ Đào Nha.

Do đó, hàng hóa của những chiếc tàu Bồ Đào Nha (thường là mỗi bốn tàu cỡ nhỏ mỗi năm) đến Nhật Bản chở đầy hàng hóa Trung Quốc (lụa, đồ sứ). Người Nhật rất thích những hàng hóa này, nhưng bị Hoàng đế Trung Quốc cấm có bất kỳ một mối liên hệ nào với nước mình, như là một sự trừng phạt vì nạn cướp biển Wakō. Người Bồ Đào Nha sau đó chớp lấy cơ hội này đóng vai trò trung gian thương mại ở châu Á.

Từ khi giành được Macau năm 1557, và được Trung Quốc chính thức công nhận là đối tác thương mại, Vua Bồ Đào Nha bắt đầu điều chỉnh thương mại với Nhật Bản, bằng cách bán cho người trả giá cao nhất cho chuyến hàng thường niên đến Nhật, ảnh hưởng của việc trao độc quyền thương mại cho chỉ một chiếc thuyền vuông duy nhất đến Nhật mỗi năm. Thuyền vuông này là loại thuyền cực lớn, thường khoảng từ 1000 đến 1500 tấn, gấp đôi đến gấp ba lần kích cõ thuyền buồm tiêu chuẩn hay thuyền mành loại lớn.

Giao thương tiếp tục với một số gián đoạn cho đến năm 1638, khi nó bị cấm do cáo buộc các con tàu này đã lén đưa các tu sỹ vào Nhật Bản.

Thương mại Bồ Đào Nha càng ngày càng bị cạnh tranh gay gắt hơn từ những tàu buôn lậu Trung Quốc và các Châu ấn thuyền Nhật Bản từ khoảng 1592 (khoảng 10 tàu mỗi năm), thuyền Tây Ban Nha từ Manila từ khoảng 1600 (một tàu mỗi năm), Hà Lan từ 1609, người Anh từ 1613 (khoảng một tàu mỗi năm).

Quan hệ với người Hà Lan

Người Hà Lan, thay vì gọi là "Nanban" mà gọi là "Kōmō" (紅毛, "Hồng Mao"), lần đầu tiên đến Nhật Bản năm 1600, trên con tàu Liefde. Hoa tiêu của họ là William Adams, người Anh đầu tiên đến Nhật Bản.

Năm 1605, hai thủy thủ tàu Liefde được Tokugawa Ieyasu gửi đến Pattani để mời người Hà Lan đến buôn bán với Nhật. Người đứng đầu thương điếm Hà Lan ở Pattani, Victor Sprinckel, từ chối với lý do rằng ông rất bận rộn khi phải đối đầu với người Bồ Đào Nha ở Đông Nam Á. Tuy vậy, năm 1609, người Hà Lan Jacques Specx cùng 2 tàu đến Hirado, và qua Adams nhận được đặc quyền thương mại từ Ieyasu.

Người Hà Lan cũng dính líu vào cướp biển và các cuộc hải chiến để làm suy yếu đội tàu Bồ Đào Nha và Tây Ban Nha ở Thái Bình Dương, và cuối cùng trở thành nước phương Tây duy nhất được quyền tiếp cận Nhật Bản từ vùng đất nhỏ Dejima sau năm 1638 và tiếp diễn trong vòng hai thế kỷ sau đó.